Грецькі Aegean, Sky Express, Olympic Air та базована в Іракліоні Bluebird Airways обслуговують внутрішню мережу, а Ryanair, easyJet, Wizz Air і літні чартери сполучають HER з Європою. Усі користуються єдиним терміналом.
Aegean Airlines, Olympic Air, Sky Express і базована в Іракліоні Bluebird Airways виконують внутрішні рейси до Афін, Салонік та на грецькі острови. Вони літають цілий рік і є основою розкладу взимку. Сама лише Aegean обслуговує близько 40% трафіку аеропорту.
Ryanair, easyJet і Wizz Air літають переважно сезонними маршрутами по Європі. Ryanair та easyJet разом перевозять близько 30% пасажирів.
TUI, Jet2, Condor і Eurowings виконують відпускні та чартерні рейси до північної Європи. Найбільший зовнішній ринок — Німеччина, далі Велика Британія, Франція, Польща та Нідерланди.
HER сполучений із понад 120 напрямками приблизно у 30 країнах — від цілорічних грецьких маршрутів до сезонних європейських рейсів.
Внутрішній рейс до Афін — найзавантаженіший у розкладі.
Міжнародні рейси сильно сезонні й наростають навесні до літнього піку, тоді як внутрішні літають цілий рік.
Усі авіакомпанії користуються сучасним єдиним терміналом HER — Міжнародним аеропортом Іракліон «Нікос Казандзакіс».
Замовте приватний трансфер через GetTransfer — фіксована ціна, від дверей до дверей, англомовний водій.