Las aerolíneas griegas Aegean, Sky Express, Olympic Air y la local Bluebird Airways operan la red nacional, mientras que Ryanair, easyJet, Wizz Air y los chárteres de verano conectan HER con Europa. Todas usan la única terminal.
Aegean Airlines, Olympic Air, Sky Express y Bluebird Airways, con base en Heraklion, operan rutas nacionales a Atenas, Tesalónica y las islas griegas. Funcionan todo el año y son la columna vertebral del horario en invierno. Aegean por sí sola transporta cerca del 40% del tráfico del aeropuerto.
Ryanair, easyJet y Wizz Air vuelan sobre todo rutas de temporada por Europa. Ryanair y easyJet juntas transportan alrededor del 30% de los pasajeros.
TUI, Jet2, Condor y Eurowings operan vuelos vacacionales y chárter al norte de Europa. Alemania es el mayor mercado internacional, seguido del Reino Unido, Francia, Polonia y los Países Bajos.
HER conecta con más de 120 destinos en unos 30 países, desde rutas griegas durante todo el año hasta servicios europeos de temporada.
El enlace nacional con Atenas es la ruta más transitada del horario.
Los vuelos internacionales son muy estacionales y crecen a lo largo de la primavera hasta un pico en verano, mientras que los nacionales operan todo el año.
Todas las aerolíneas usan la moderna terminal única de HER: el Aeropuerto Internacional de Heraklion «Nikos Kazantzakis».
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