As companhias gregas Aegean, Sky Express, Olympic Air e a Bluebird Airways, sediada em Heraklion, operam a rede doméstica, enquanto a Ryanair, a easyJet, a Wizz Air e os charters de verão ligam HER à Europa. Todas usam o terminal único.
Aegean Airlines, Olympic Air, Sky Express e Bluebird Airways, sediada em Heraklion, operam rotas domésticas para Atenas, Salónica e as ilhas gregas. Funcionam todo o ano e são a espinha dorsal do horário no inverno. Só a Aegean transporta cerca de 40% do tráfego do aeroporto.
Ryanair, easyJet e Wizz Air voam sobretudo rotas sazonais pela Europa. Ryanair e easyJet juntas transportam cerca de 30% dos passageiros.
TUI, Jet2, Condor e Eurowings operam voos de férias e charter para o norte da Europa. A Alemanha é o maior mercado internacional, seguida do Reino Unido, França, Polónia e Países Baixos.
HER liga-se a mais de 120 destinos em cerca de 30 países, das rotas gregas durante todo o ano aos serviços europeus sazonais.
A ligação doméstica a Atenas é a rota mais movimentada do horário.
Os voos internacionais são muito sazonais e crescem ao longo da primavera até um pico no verão, enquanto os domésticos operam todo o ano.
Todas as companhias usam o moderno terminal único de HER — o Aeroporto Internacional de Heraklion «Nikos Kazantzakis».
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